就分子結構而言，過硫酸氫鉀消毒劑與過氧乙酸較為相似，過氧化物鍵分別與硫原子和碳原子連接。過硫酸氫鉀是一種無機物質，其消毒成分為過硫酸單離子，可氧化微生物蛋白質，導致微生物死亡。

　　過硫酸氫鉀是一種中性鹽，其水溶液的酸性是由硫酸氫鉀在復合鹽中溶解產生的氫離子引起的。

　　然而，過硫酸氫鉀在酸性條件下的穩定性要比中性條件下好得多，在堿性條件下會迅速分解。復合過硫酸氫鉀復合鹽是由氯化鈉、有機酸和硫酸氫鈉制成的硫酸氫鈣復合鹽消毒劑。

　　在水溶液中，利用過硫酸氫鉀消毒劑的氧化能力，它在水中發生鏈式反應，不斷產生新的生態氧、次氯酸鹽、游離羥基和過氧化氫。通過新生兒氧和游離羥基的氧化，細胞膜的滲透性可以改變為破裂，從而使保護層正?；?，達到殺滅細菌、真菌、原生動物和病毒的目的。

　　此外，新生態氧、次氯酸和游離羥基可同時殺滅微生物，因此溶解后可達到較大協同消菌作用。因此，過硫酸氫鉀復合鹽的消菌作用明顯高于其他消毒劑。

　　過硫酸鹽的氧化能力可以氧化大部分有普物，減少耗氧系數，減少沉積物的氧債，氧化氧化亞鐵。氧化鐵到三價鐵，二氧化錳到二氧化錳，亞硝酸鹽到水中硝酸鹽。硫化氫等硫化物形成硫酸鹽，清理這些物質對水生動物的危害，修理沉積物的黑臭現象、沉積物變質、硬化、底火、減低酸堿度等。同時，硫酸氫鉀在氯氣制備后能降解氯胺殘留，減低有蓖殘留。

　　同時，殺滅微生物后釋放的氯化物會被過硫酸氫鉀的活性氧氧化成次氯酸鹽和游離羥基，作用時間較長。因此，過硫酸氫鉀消毒劑有著效率高、廣譜、快速、持久和安全的消毒功能。